El puerto protegido, con su punto de referencia de El Morro de 850 pies de altura, se convirtió en un puerto floreciente para veleros de muchas naciones europeas, y la ciudad prosperó hasta 1605, cuando el gobernador de Santo Domingo, envidioso de su éxito, arrestó a toda la población y quemó la ciudad hasta los terrenos y trasladó a los habitantes a una zona desol. Sin el conveniente puerto de Monte Cristi, los barcos comerciales se fueron a otro lugar.

A pesar del gobernador Osorio, los habitantes regresaron a Monte Cristi, reconstruyeron su puerto y ciudad y reanudaron el comercio, y - a pesar de muchas dificultades y batallas con los piratas y con sus vecinos franceses, recuperaron su comercio y prosperaron, hasta que finalmente en 1756, la corona española reconoció el valor del puerto y su pueblo, y lo fundó oficialmente como San Fernando de Monte Cristi. El comercio prosperó y así comenzó el crecimiento de los modernos Monte Cristi.

El "Museo de Monte Cristi", con entrada gratuita para todos, cubre el período desde la geología más temprana hasta esta época de la Fundación oficial de la ciudad. Las exposiciones muestran la cultura de los Tainos originales, y los artefactos de los muchos naufragios de la zona muestran los bienes comerciales y el estilo de vida de los primeros colonos.

La historia de Monte Cristi es una historia cápsula de los primeros caribeños, con luchas por sobrevivir, batallas, una población de nacionalidades mixtas, esclavos libres, piratas, fe religiosa, coraje, héroes, heroínas y mucha determinación. El Museo y Centro Cultural de Monte Cristi, sin ánimo de lucro, se dedica a hacer pública esta historia como fuente de orgullo cívico e inspiración para todos.